En 1916, Bill, ouvrier dans une fonderie, sa petite amie Abby et sa soeur Linda quittent Chicago pour faire les moissons au Texas. Voyant là l'opportunité de sortir de la misère, Bill pousse Abby à céder aux avances d'un riche fermier, qu'ils savent atteint d'une maladie incurable. Mais Abby finit par tomber amoureuse du fermier, ce qui déjoue les plans de Bill... Ce film est une oeuvre poétique, métaphore du paradis perdu où s'entremêlent les passions et la nature humaine.

Tragédie aux accents bibliques, Les Moissons du ciel se mue peu à peu en une quête désespérée du Paradis perdu et de l'innocence déchue. Car si le stratagème de Bill et d'Abby est immoral, Malick ne condamne pas ses personnages : ce sont seulement des êtres humains qui ont été chassés du jardin d'Eden. Bientôt, le "paradis" qui s'est créé autour du triangle amoureux est ravagé par les sauterelles – référence au chapitre 9 de l'Apocalypse –, le feu et la jalousie dévorante. Porté par la partition onirique d'Ennio Morricone et le Carnaval des Animaux de Saint-Saëns, le film nous transporte dans un monde où la rédemption n'a plus sa place.